Endon dilahirkan dalam keluarga campuran Melayu - Jepun. Beliau menerima pendidikan awal di Sekolah Anglo Chinese (yang kini dikenali sebagai "Sekolah Kebangsaan Methodist"), Kampar, Perak, dan melanjutkan pelajaran pada peringkat menengahnya di St Mary’s Secondary Girls' School di Kuala Lumpur. Bapa Endon bekerja sebagai pembantu perlombongan di Jabatan Pertambangan, dan seterusnya dipindahkan ke Perak untuk mengawasi sekitar 60 lombong di daerah Kampar.